2013年，云南分所在申报国家重大专项课题方面取得重要进展，牵头承担两项国家重大课题：国家基本药物所需中药材种子种苗繁育（云南）基地建设项目（1000万）、国家工信部中药材生产扶持项目-西双版纳阳春砂仁生产基地建设（500万）。
1、国家基本药物所需中药材种子种苗繁育（云南）基地建设项目
2013年，国家中医药管理局将云南省列为全国11个国家基本药物所需中药材种子种苗繁育基地建设单位之一。云南分所将作为云南省基地建设的牵头单位，整合包括云南白药集团、光明石斛集团等6家企业，对阳春砂仁、铁皮石斛、重楼、三七、灯盏花、金铁锁等6个品种的中药材种子种苗繁育基地进行建设。本项目总经费1000万元，将建立起立足云南，辐射祖国西南区的中药材种子种苗繁育基地和种子种苗检测中心。通过项目建设，云南分所将成为云南省中药材种子种苗繁育科技研究与人才培训的重要平台。
2、国家工信部中药材生产扶持项目-西双版纳阳春砂仁生产基地建设项目
中药材生产扶持项目围绕关系全民健康的中药大品种和民族药特色品种，特别是中药基本药物和创新药的支撑性原料药材，扶持一批大宗中药材品种的规范化、规模化和产业化生产基地建设。 项目总建设经费达500万元的国家工信部中药材生产扶持项目-西双版纳阳春砂仁生产基地建设，由云南分所技术牵头，依托西双版纳州医药有限公司组织实施，该项目的建设将通过阳春砂仁在其主产区西双版纳的规范化种植、采收和规模化加工，带动全国阳春砂仁的规范化生产，从根本上保障国家基本药物所需优质药材原料-阳春砂仁的供给。
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